Contact-COVID et SI-DEP, le contact tracing pour le dépistage de la COVID-19

22 mars 2021

Santé

Lors de son discours du 28 Octobre 2020 annonçant un second confinement national, le chef de l’état : Emmanuel Macron, a répété l’importance d’apporter un diagnostic rapide aux potentiels nouveaux cas de COVID-19 et de rompre ainsi les chaînes de contamination afin de sortir de cette crise sanitaire.

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Dès lors, une identification précoce des cas positifs et de leurs contacts proches en sont les enjeux principaux.

Quelle est la stratégie adoptée par le gouvernement ?

Afin de pouvoir sortir du premier confinement, il a été nécessaire de définir et mettre en place une stratégie forte d’endiguement de la propagation de la COVID-19. Il s’agit de repérer, isoler et traiter tous les cas positifs ainsi que toutes les personnes ayant été à leur contact.

Pour ce faire, les outils de contact tracing SI-DEP et Contact-COVID ont été créés et mis à disposition des acteurs luttant contre la diffusion du virus sur le territoire français.

Mais à quoi servent-ils ? Comment sont-ils utilisés ? (1)

Le Système d’Information de DEPistage ou SI-DEP, est “‘une plateforme sécurisée où sont systématiquement enregistrés les résultats des laboratoires de tests COVID-19”. Elle assure ainsi l’enregistrement de l’intégralité des cas positifs détectés via test PCR.

SI-DEP est issu d’un partenariat entre le Ministère des Solidarités et de la Santé (responsable du traitement), l’Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP, maître d’œuvre), Santé publique France, les laboratoires de biologie médicale et leurs éditeurs de systèmes d’information.

Développé par l’Assurance Maladie, Contact-COVID quant à lui, est un outil numérique destiné à être utilisé par l’ensemble des professionnels de santé permettant d’identifier les personnes ayant été en contact direct avec un cas positif à la COVID. En effet, il permet de vérifier que chacun des cas contacts identifiés a bien été contacté, informé, testé et si besoin, pris en charge.

Concernant la protection de ces données, les traitements de SI-DEP et Contact-COVID répondent aux garanties imposées par le règlement RGPD, relatif à la protection des personnes physiques à l’égard du traitement des données à caractère personnel et à la libre circulation de ces données. Par ailleurs ils ont été examinés par la CNIL qui les a déclarés “pour l’essentiel, respectueux des données personnelles” (2).

Que se passe-t-il lorsque j'effectue un test COVID ?

Lors du prélèvement, le patient est prévenu que ses données seront traitées dans SI-DEP. Dès lors, à des fins d'enquête épidémiologique, il lui sera impossible de s'opposer à l’utilisation de ses données. Cependant, il lui sera possible de s’y opposer s’il ne désire pas qu’elles soient utilisées dans un cadre de recherche. (3)

Après le prélèvement, le patient ainsi que son médecin traitant ou prescripteur, sont informés des résultats par le laboratoire d’analyse ou via SI-DEP de façon dématérialisée ou papier.

Si les résultats sont positifs, des conseils concernant sa prise en charge ainsi que des informations complémentaires concernant la conduite à tenir sont envoyés au patient par SI-DEP. Par la suite, il est contacté par son médecin généraliste suivi de l’Assurance maladie dans le but d’établir l’historique des personnes avec lesquelles il est récemment entré en contact et les inciter à respecter les consignes d’isolement et de se faire tester à leur tour.

Quelles sont les données utilisées ? (3)

Sur l’ensemble du territoire, plus de 600 laboratoires d’analyse recueillent ces données indépendamment de leur système informatique.

Les catégories de données enregistrées dans SI-DEP seront :

les données d’identification des personnes, seuls le nom et prénom sont obligatoires (4)
les données de situation permettant aux agents de prioriser les appels par degré d’urgence : coordonnées postales, téléphoniques et électroniques. Suis-je un professionnel de santé ? Est-ce que je vis dans un hébergement collectif ? Quelle est la date d’apparition de mes premiers symptômes ?
les coordonnées des médecins responsables,
la date du prélèvement et les résultats de l’examen.

A contrario, les données recueillies par Contact-COVID proviennent directement des médecins généralistes, des enquêteurs sanitaires de la CNAM, de Santé publique France et des ARS, et reprennent :

l’identification et les coordonnées des patients détectés positifs,
l’identification et les coordonnées de leurs contacts rapprochés,
l’information si les patients et/ou leurs cas contacts fréquentent ou travaillent dans une collectivité sensible (crèche, école, établissement de santé et médico-social, établissement pénitentiaire),
la présence d’éventuels signes cliniques évocateurs permettant de distinguer les cas contacts symptomatiques des autres, et d’adapter les recommandations sanitaires en fonction,
des informations sur l’état de santé général des patients et à leur potentiel besoin d’hébergement ou d’accompagnement social, pour déclencher des prises en charge adaptées à des publics fragiles.

Concernant les usages épidémiologiques et de recherche évoqués précédemment, les noms et les prénoms sont supprimés afin de rendre ces données non-identifiantes qui seront conservée “pendant une durée de six mois à compter de la fin de l'état d'urgence sanitaire”. (5)

Enfin, outre l’aspect logistique (6) et les difficultés rencontrées pour se faire tester lors des dernières semaines précédant le second confinement, cette stratégie globale suscite des interrogations dans le monde scientifique. En effet, selon certains spécialistes, cette dernière ne serait efficace que dans une situation où l'épidémie serait contenue, or pour le moment le virus continue de circuler.

Dès lors, le nombre de cas positifs est en constante augmentation impliquant une montée en charge proportionnelle dans leur identification et le suivi de leurs cas contact. Dès lors le besoin en ressources humaines augmente lui aussi, notamment en termes d'épidémiologistes. Il serait regrettable que cela impacte indirectement leurs recherches en mobilisant un nombre non négligeable d’experts.

En effet, nous sommes en mesure de nous interroger sur l’efficacité de cette stratégie qui à elle seule n’aura pas permis d'éviter un second confinement. Cependant ne négligeons pas son utilité quant à l'interprétation des chiffres, leur communication et leur exploitation.

Ainsi, il sera peut-être nécessaire dans un futur proche de faire évoluer ce dispositif en recensant également les résultats issus des nouveaux types de tests par exemple, qui, couplé avec ce second confinement, permettrait cette fois-ci une meilleure prise en charge et identification des cas positifs lors du déconfinement à venir.